Deux anticorps nouvellement développés (en vert et bleu) bloquent la protéine spike du coronavirus (en rouge). | Image: Maximilian Sauer

«En réalité, ce que l’on voit sur cette image n’existe pas sous cette forme. C’est une composition que j’ai réalisée pour les spectateurs non scientifiques.» Maximilian Sauer est chercheur postdoc et boursier du Fonds national suisse à l’Université de Washington. Déjà avant l’actuelle pandémie, il recherchait des anticorps pour les coronavirus responsables du SARS-CoV-1 et du MERS. Sur l’image qu’il a réalisée, la protéine spike du coronavirus MERS est représentée en rouge. C’est une pique de la couronne désormais emblématique qui permet au virus d’ouvrir les cellules humaines. L’extension rouge en bas a été rajoutée pour montrer à quoi ressemble l’actuel coronavirus SARS-CoV-2.

Maximilian Sauer a aussi dû compléter la majeure partie des deux anticorps (en vert et en bleu) de part et d’autre de la protéine spike. Car ses données précises ne valent que pour les points de contact. C’est suffisant pour voir que les anticorps étirent les brins du col de la protéine spike, bloquant ainsi le mécanisme d’ouverture. «J’essaie de donner des images des structures aussi détaillées que possible, pour expliquer précisément le fonctionnement des anticorps», explique-t-il.

Les protéines, minuscules, sont invisibles au microscope optique. Le chercheur bombarde donc son échantillon, préparé pendant de longues semaines, de faisceaux d’électrons ou de rayons X. Il a ainsi pu détecter les premiers anticorps qui n’attaquent pas la tête de la protéine spike, où tous les virus se différencient, mais son col, où il ne leur reste pas une grande marge d’adaptation. Cette nouvelle classe d’anticorps pourrait être utilisée si des mutations de la protéine affaiblissaient les vaccins. «C’est frustrant de n’avoir pu prévenir la pandémie avec ce projet, note le chercheur. Mais la découverte de quelque chose de nouveau fut bien sûr un magnifique moment. Les sentiments sont toujours un peu contradictoires.» Autant que la spike visualisée elle-même: belle et effrayante à la fois.